为什么会有长毛秋田？
这要从秋田犬的毛色讲起，犬类的毛发色素问题与人有些类似，是受黑色基因（B）和红褐色基因（b）控制的。而毛色中的毛发间色素点则受毛发间色素基因（D）和非毛发间色素基因（d）控制。另外还有白化基因（C），它的作用是将整个犬体毛发的毛发间色素和毛发色素完全清除掉。
秋田犬的毛色规定是除去白化基因产生的白色外的红毛黑吻部，所以它的各基因携带情况应该是BbDdcc或BBDdcc。但是由于毛发在生长发育过程受到各种因素的干扰，在一些毛发上出现毛发间色素缺失，从而产生了所谓的“银毛”现象，而“银毛”是日本AKC明确规定的合格色。
但是毛发的干扰程度不一样，如果干扰程度在90%以上，基本上看不出什么杂色，就是符合色的黑吻红毛。如果干扰在90%以下，就会在犬体各部位出现比较明显的白毛，特别是肘关节、坐骨后、后腿后面这些部位白毛更多，这些犬，就是所谓的“白足”犬，也是日本AKC认可的合格色。
如果携带的毛发间色素基因Dd，这种犬的毛发和吻部都是全黑的，也就是所谓的长毛秋田。这种犬携带了不符合的毛色基因，所以不参加任何竞技。但是毛发长的犬在出生时和FCF长得很像，需要等待犬体发育到2周龄左右才能确定。
另外，秋田犬其实存在所谓的“双重基因”，就是说有些犬的各基因携带情况为BbDdCc。这种犬在出生时纯白，但是它们的皮肤是红色的。随着犬体的发育，一些毛发变红，这些犬一般在8月龄左右就开始褪毛。由于长毛秋田犬在幼年期和FCF非常相像，所以有一些长毛秋田犬在日本本土饲养或销售到其他国家前误认为FCF犬而进行处理。